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ふるさと納税の確定申告とワンストップ特例の違い・手続き方法

ふるさと納税の確定申告とワンストップ特例の違い・手続き方法
最終更新:2026年5月20日

「ふるさと納税したけど、控除の手続きどうすればいい?」
「ワンストップ特例と確定申告、どっちが得なの?」
「申請を忘れてしまった…今からでも間に合う?」

ふるさと納税で税金の控除を受けるには、ワンストップ特例制度確定申告のいずれかの手続きが必要です。

この手続きガイドでは、2つの制度の違い・選び方から具体的な申請手順、そして「確定申告したらワンストップが無効になった」というよくある失敗の回避方法まで、まとめて解説します。

ふるさと納税の税金控除の仕組み

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ふるさと納税は、応援したい自治体に寄付をすることで、寄付金額から2,000円を差し引いた金額が所得税と住民税から控除される制度です。

たとえば50,000円を寄付した場合、48,000円が税金から差し引かれます(実質負担2,000円)。

ただし、控除には上限額があります。

上限額は年収や家族構成、住んでいる地域によって異なるため、各ふるさと納税サイトのシミュレーションで事前に確認しておきましょう。

重要

ふるさと納税の控除は「自動的に」行われるものではありません。
寄付をしただけでは控除されないため、ワンストップ特例制度または確定申告のどちらかで手続きが必要です。

ワンストップ特例制度とは

ワンストップ特例制度は、確定申告をしなくても、ふるさと納税の寄付金控除を受けられる制度です。

2015年4月に導入され、会社員の方にとって特に便利な仕組みです。

利用条件

ワンストップ特例制度を利用するには、以下の2つの条件を両方満たす必要があります。

  • 確定申告をする必要がない人であること
    会社で年末調整を受けている給与所得者で、他に申告するものがない方が対象です。
  • 1年間(1月〜12月)の寄付先が5自治体以内であること
    同じ自治体に複数回寄付した場合でも、1自治体としてカウントされます。

控除の仕組み

ワンストップ特例の場合、控除は全額が翌年度の住民税から行われます。

所得税からの控除(還付)は発生しませんが、控除される合計金額は確定申告の場合と基本的に同じです。

ワンストップ特例の申請方法

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申請方法は「オンライン申請」と「郵送申請」の2つがあります。

オンライン申請(おすすめ)

マイナンバーカードとスマートフォンがあれば、自宅で簡単に申請できます。

  1. ふるさと納税サイトのアプリまたはマイページを開く
  2. 「ワンストップ特例申請」画面で申請する寄付を選択する
  3. マイナンバーカードをスマートフォンで読み取る
  4. 申請完了

自治体によってはオンライン申請に対応していない場合もあるため、事前に確認してください。

郵送申請の手順

  1. 申請書を準備する
    自治体から届いた申請書を使うか、ふるさと納税サイトからダウンロードします。
  2. 必要事項を記入する
    「寄附金税額控除に係る申告特例申請書」に氏名・住所・マイナンバーなどを記入します。
  3. 本人確認書類を用意する
  • マイナンバーカードをお持ちの方 → 両面コピー1点
  • お持ちでない方 → マイナンバー通知カードのコピー + 運転免許証のコピー
  1. 寄付先の自治体に郵送する
    申請書と本人確認書類を封筒に入れて各自治体に送付します。
申請期限に注意

申請期限は寄付をした翌年の1月10日(必着)です。
期限を過ぎた場合は確定申告が必要になります。
年末に寄付した場合は特にスケジュールに注意してください。

寄付ごとに申請が必要

ワンストップ特例申請は寄付1件ごとに行います。

同じ自治体に3回寄付した場合は3枚の申請書が必要です。

ただし、同じ自治体への複数寄付分は同じ封筒にまとめて郵送できます。

申請状況の確認方法

多くの自治体では「自治体マイページ」で申請の受付状況を確認できます。

また、各ふるさと納税サイトのマイページでも申請状況が確認できる場合があります。

郵送申請の場合は書類到着後に反映されるため、期限ぎりぎりに提出した場合は数日待ってから確認してください。

確定申告が必要なケース

以下に当てはまる方は、ワンストップ特例制度を利用できないため、確定申告でふるさと納税の控除を申請します。

  • 寄付先が6自治体以上の方
  • 医療費控除を受ける方
  • 住宅ローン控除の初年度の方
  • 年間の給与収入が2,000万円超の方
  • 副業の所得が20万円を超える方
  • 給与を2か所以上からもらっている方
  • 個人事業主の方
  • そもそも確定申告を行う予定がある方
確定申告をする年はワンストップ申請をしても無効

上記に該当する方が間違ってワンストップ申請をしていても問題ありません。
確定申告を行った時点でワンストップ特例は自動的に無効化されます。
ただし確定申告時にふるさと納税の寄付分を必ず申告してください。

e-Taxでの確定申告手順

マイナポータル連携を利用すると、寄付金受領証明書のデータが自動入力されるため、非常に簡単に申告できます。

  1. 国税庁の確定申告書等作成コーナーにアクセスする
  2. マイナンバーカードでログインし、マイナポータル連携を選択する
  3. ふるさと納税の寄付金データが自動で取り込まれる
  4. 内容を確認して送信する

マイナポータル連携を利用しない場合は、各自治体から届いた「寄付金受領証明書」を見ながら手動で入力します。

申告期限

  • 通常の確定申告
    翌年2月16日〜3月15日
  • 還付申告
    翌年1月1日から5年間いつでも提出可能

ふるさと納税の控除のみの申告は「還付申告」にあたるため、期限を過ぎてしまっても5年以内であれば申告できます。

ワンストップ特例と確定申告の違い比較

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項目ワンストップ特例確定申告
控除対象の税金住民税のみ所得税 + 住民税
控除される合計額基本的に同じ基本的に同じ
寄付先の自治体数5自治体まで制限なし
申請期限翌年1月10日(必着)翌年3月15日(還付申告は5年間)
手続きの手軽さ書類を送るだけe-Taxまたは税務署で申告
向いている人会社員で他に申告不要な方自営業・医療費控除ありの方

どちらを選べばよいか

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ワンストップ特例申請後に確定申告が必要になったら

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ふるさと納税のワンストップ特例で最も多いトラブルが、この「確定申告によるワンストップ無効化」です。

注意

確定申告を行うと、その年に提出したワンストップ特例の申請はすべて無効になります。
医療費控除など別の理由で確定申告する場合、ふるさと納税の寄付分も必ず確定申告に含めて申告してください。
これを忘れると、ふるさと納税の控除がまるごと受けられなくなります。

よくある失敗パターン

  1. ワンストップ特例で申請済み
  2. 年度途中で高額な医療費が発生し、医療費控除のために確定申告
  3. 確定申告時にふるさと納税分を入力し忘れる
  4. ふるさと納税の控除が消える

正しい対処方法

確定申告が必要になった場合は、以下の手順で対応してください。

  1. 全ての寄付先の「寄付金受領証明書」を手元に用意する
  2. 確定申告書の「寄附金控除」欄に、全てのふるさと納税分を入力する
  3. 医療費控除など、他の控除もあわせて申告する
マイナポータル連携なら安心

e-Taxでマイナポータル連携を利用すれば、ふるさと納税のデータが自動で取り込まれるため、入力漏れを防げます。

ワンストップ特例申請を忘れた場合の対処法

「申請書を出し忘れていた」「期限(1月10日)を過ぎてしまった」場合でも、控除をあきらめる必要はありません

還付申告で取り戻す

ふるさと納税の控除を受けるための申告は「還付申告」にあたり、翌年1月1日から5年間いつでも申告できます。

通常の確定申告期間(2月16日〜3月15日)に限らず、混雑を避けて1月中に提出することも可能です。

還付申告の手順

  1. 各自治体から届いた「寄付金受領証明書」を準備する
  2. 国税庁の確定申告書等作成コーナーにアクセスする
  3. 「所得税の確定申告書作成コーナー」から還付申告書を作成する
  4. ふるさと納税の寄付先・金額を入力する
  5. e-Taxで送信、または印刷して税務署に郵送する
全てのワンストップ申請済み分も入力

一部の寄付についてワンストップ申請ができていなかった場合でも、ワンストップ申請済みの分を含めて全ての寄付分を確定申告に入力してください。

控除が反映されたか確認する方法

ふるさと納税の控除が正しく反映されたかどうかは、翌年届く住民税決定通知書で確認できます。

確認手順

  1. 毎年5〜6月に届く「住民税決定通知書」(給与所得者は勤務先から配布)を確認する
  2. 「税額控除額」欄(市民税・県民税それぞれ)または「摘要」欄に「寄附金税額控除額」の記載があるか確認する
  3. 記載されている控除額が、寄付金額−2,000円とおおむね一致していればOK

自治体によって記載箇所が異なる場合があるため、両方の欄を確認してください。

ワンストップ特例の場合

控除は全額が住民税から行われるため、住民税決定通知書の摘要欄に控除額が記載されます。

所得税の還付はありません。

確定申告の場合

  • 所得税
    確定申告後1〜2か月程度で指定口座に還付される
  • 住民税
    翌年6月以降の住民税が減額される形で控除される

よくある質問(FAQ)

Q. 同じ自治体に2回寄付した場合、ワンストップ申請は何回必要?

A. 寄付の回数分(2回)の申請が必要です。

同じ自治体への寄付でも、寄付1件ごとに申請書を提出します。

ただし、自治体数としてのカウントは1自治体です。

つまり5自治体にそれぞれ3回ずつ寄付した場合、申請書は15枚必要ですが、5自治体以内の条件は満たしています。

Q. 年末調整で会社に何か申請する必要はある?

A. 必要ありません。

ふるさと納税の控除手続きは、ワンストップ特例申請または確定申告で行います。

会社の年末調整では手続きできないため、勤務先への報告は不要です。

Q. 寄付申込時に「確定申告」を選んでしまったが、ワンストップに変更できる?

A. はい、変更できます。

寄付申込時の「寄付金控除の手続き方法」の選択は、自治体が申請書類を郵送するかどうかの参考情報にすぎません。

条件を満たしていれば、申込時の選択に関係なくワンストップ特例申請が可能です。

申請書が届かない場合は、ふるさと納税サイトからダウンロードして提出できます。

Q. 控除上限額を超えて寄付した分はどうなる?

A. 上限額を超えた分は控除されず、自己負担になります。

たとえば控除上限額が60,000円の方が80,000円を寄付した場合、控除されるのは60,000円−2,000円=58,000円です。

残りの20,000円は自己負担(合計22,000円負担)となります。

各ふるさと納税サイトのシミュレーションで事前に上限額を確認することをおすすめします。

まとめ

ふるさと納税の控除を受けるための手続きは、大きく分けて2つです。

  • ワンストップ特例制度
    確定申告不要の会社員で、寄付先が5自治体以内の方に最適。 申請書を寄付先に送るだけで完了します(期限: 翌年1月10日)。
  • 確定申告
    医療費控除や副業所得がある方、6自治体以上に寄付した方はこちら。 e-Taxのマイナポータル連携を使えば、寄付データの自動入力で手間を最小限にできます(還付申告は5年間OK)。

最も注意すべきポイントは、確定申告をするとワンストップ特例が無効になること。

別件で確定申告する場合は、ふるさと納税分も必ず含めて申告してください。

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